El Consejo del Gobierno Vasco aprobó en reunión del 30 de noviembre del 2004, la propuesta del Departamento de Cultura del Gobierno Vasco para declarar Monumento con la categoría de Bien Cultural Calificado - máximo nivel de protección- a la Iglesia de Ntra. Sra. del Juncal de Irún. Dicha declaración supone "la adecuación de la protección previa a los supuestos de la Ley de Patrimonio Cultural de 1990" según señaló la consejera de Cultura Miren Azcarate. Esta declaración, además, protege la iglesia y los espacios urbanos circundantes vinculados al edificio, además de añadirse una delimitación y descripción de los mismos.
El edificio contaba con una protección anterior, derivada del Decreto del Departamento de Cultura de 265/1984 de 17 de julio.
Tras esta declaración se incluirá la iglesia de Ntra. Sra. del Juncal en el catálogo de Bienes Culturales Calificados. Paralelamente se dará conocimiento de la decisión al Registro de la Propiedad, al Ayuntamiento de Irún y a los Departamentos de Cultura, Urbanismo y Hacienda de la Diputación Foral.
Al mismo tiempo, El Departamento de Cultura del Gobierno Vasco instará al Ayuntamiento de Irún para que proceda a la adecuación de la normativa urbanística municipal a las prescripciones previstas por la Ley.

TRABAJOS DE RESTAURACIÓN:

Esta nueva protección otorgada a la iglesia de Ntra. Sra. del Juncal viene a apoyar el interés que el Ayuntamiento de Irún, la Diputación Foral , además de otras entidades y miles de particulares están llevando a cabo para su restauración.
En los últimos cuatro años se han llevado a cabo diversos trabajos de restauración como la limpieza de la torre, arreglo del tejado, reparación de vidrieras, restauración del órgano Cavaille-Coll además del suelo del coro y la sillería y la colocación de calefacción radiante.
El pasado mes de diciembre comenzó otra fase que afectará a trabajos de limpieza de las fachadas del interior, compuesto de bloques de arenisca extraídos de Peñas de Aia y que se tratará con un nuevo método con aplicación de láser, método que permite ser respetuoso con el material.
Queda pendiente la restauración de una de las joyas del interior: EL RETABLO MAYOR, última gran obra conocida de Juan de Bazcardo, que fue declarado Bien Cultural Calificado en 2001.
Tanto desde la Parroquia como desde el Ayuntamiento y la Diputación existe la intención de acometer la restauración en su totalidad. También hay intención de hacer un museo parroquial.